MATLAB es un reconocido lenguaje de análisis científico con varias herramientas disponibles. Destacan la configuración, la adquisición de datos, la importación/exportación de datos (.poly5) y ejemplos que incluyen el procesamiento y la visualización con la caja de herramientas EEGlab. Hay dos versiones disponibles para interactuar con SAGA o REFA.
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