ATAC-seq, Ensayo de Cromatina Accesible por Transposasa, seguido de secuenciación de nueva generación, es una tecnología clave para el mapeo genómico de la cromatina accesible. La tecnología se basa en el uso de la transposasa Tn5, que corta la cromatina abierta expuesta y simultáneamente liga adaptadores para su posterior amplificación y secuenciación. Los métodos ATAC-seq permiten:
Obtener información sobre la regulación génica y comprender las firmas de cromatina abierta
Determinar las posiciones de los nucleosomas con una resolución de un solo nucleótido
Descubrir la ocupación de factores de transcripción (TF)
El kit ATAC-seq de Diagenode se basa en un protocolo altamente validado y optimizado para 50.000 células por reacción. El kit incluye los reactivos para la lisis celular y la extracción de núcleos, el marcaje y la purificación del ADN, así como para la amplificación de la biblioteca. Los índices de cebadores para multiplexación no están incluidos en el kit y deben adquirirse por separado.
Características del kit ATAC-seq:
Necesidad de células: 50.000 células / rxn
Protocolo robusto con alta reproducibilidad entre réplicas y experimentos repetitivos
Captura fácil y eficiente del ADN tras la reacción de marcaje utilizando las columnas MicroChIP DiaPure de Diagenode (incluidas)
Paso adicional de qPCR para determinar el número de ciclos necesarios para la amplificación de la biblioteca:
Evita la sobreamplificación
Permite la adaptación/flexibilidad para que las muestras más difíciles tengan éxito con la preparación de bibliotecas.
Da una indicación temprana si el experimento no funciona (no hay amplificación qPCR)
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