Software para secuenciación EPI2ME

análisis de datosen tiempo real

Resumen del producto
Oxford Nanopore ofrece software y herramientas para el análisis de datos de secuenciación nanopore, combinando los flujos preconfigurados EPI2ME con el entorno operativo MinKNOW. Las soluciones permiten análisis en tiempo real y despliegue en portátiles, estaciones de trabajo, clústeres, entornos cloud y dispositivos Oxford Nanopore, atendiendo necesidades de laboratorios de investigación y clínicos.

Flujos de análisis preconfigurados con EPI2ME

• Accesible mediante una aplicación de escritorio intuitiva o interfaz de línea de comandos
• Flujos preconfigurados disponibles para múltiples aplicaciones de secuenciación
• Desplegar y ejecutar análisis en portátil, clúster, cloud o dispositivos ONT
• Obtener resultados durante la secuenciación con flujos en tiempo real
• Crear y compartir flujos personalizados a través de la aplicación EPI2ME

Para científicos

• Interfaces orientadas al usuario para la revisión rutinaria de datos
• Informes estructurados para una interpretación rápida
• Muchos flujos funcionan sin experiencia bioinformática especializada
• Propiedad de los datos mantenida desde la muestra hasta el resultado

Para bioinformáticos

• Acceso a basecallers y herramientas a través de los repositorios GitHub de Oxford Nanopore
• Obtener definiciones de flujos EPI2ME desde GitHub o integrar código propio
• Soporte de línea de comandos para integraciones avanzadas y automatizadas

MinKNOW

• Software operativo para dispositivos de secuenciación Oxford Nanopore
• Gestiona la adquisición de datos brutos y el basecalling
• Incluye detección integrada de metilación cuando procede
• Soporta secuenciación dirigida in silico mediante adaptive sampling
• Proporciona una API para conectar herramientas aguas arriba y aguas abajo

Conjuntos de datos y soluciones compatibles

• Se facilitan conjuntos de datos abiertos para apoyar el desarrollo de métodos y el benchmarking
• Oxford Nanopore colabora con socios de análisis terciario para ofrecer soluciones de interpretación de extremo a extremo
• Hay formación online y masterclasses disponibles para facilitar la adopción

Especificaciones técnicas

• EPI2ME: flujos preconfigurados en tiempo real; aplicación de escritorio e interfaces de línea de comandos
• Despliegue: compatible con portátil, estación de trabajo, clúster, cloud y dispositivos ONT
• Análisis en tiempo real: acceso a resultados intermedios y finales durante la secuenciación
• Personalización: crear, exportar y compartir flujos personalizados vía EPI2ME
• MinKNOW: adquisición de datos, basecalling, detección de metilación, adaptive sampling, API MinKNOW para integraciones
• Herramientas y basecallers: mantenidos y accesibles vía repositorios de Oxford Nanopore para usuarios avanzados
• Públicos objetivo: científicos de laboratorio (muchos flujos sin necesidad de bioinformática) y bioinformáticos (soporte de línea de comandos e integración)