Software para secuenciación MinKNOW

para secuenciación NGSpara la genómicade gestión de datos

Descripción general
MinKNOW es el software de control y adquisición para dispositivos Oxford Nanopore. Gestiona la conexión y el control del dispositivo, adquisición de datos, basecalling en directo y post-run, análisis en tiempo real, comprobaciones de flow cell y hardware, configuración de corridas e informes. Identificador del documento: MKE_1013_v1_revDN_29Apr2026.

Dispositivos compatibles y alcance

• MinION Mk1B, MinION Mk1D
• MinION Mk1C
• Adaptador Flongle y Flongle Flow Cells
• GridION
• PromethION 24 / 48
• PromethION 2 Solo (P2 Solo) y PromethION P2i

Capacidades clave

• Control del dispositivo y gestor de conexiones para acceso local o remoto
• Comprobaciones de hardware mediante Configuration Test Cell (CTC) y evaluación de poros activos
• Iniciar, pausar, detener y monitorizar experimentos de secuenciación
• Basecalling en vivo (Fast / HAC / SUP) y basecalling post-run opcional
• Codificación por barras (single/dual), recorte y asignación de códigos de barras
• Alineamiento durante las corridas con referencias FASTA/.mmi y intervalos BED opcionales
• Muestreo adaptable (enriquecer/eliminar) con flujos de trabajo de balanceo por barcode
• Salida de datos: FASTQ (gzip), BAM, POD5 con división y compresión configurables
• Plantillas de corrida, subida de sample-sheet (CSV) y soporte para experimentos multi-flow-cell
• Objetivos de corrida y reglas de parada (tiempo, bases estimadas/basecalladas, cobertura)
• Informes exportables y CSV de actividad de poros

Guías rápidas y secciones principales

• Guías por dispositivo (MinION, GridION, PromethION, Flongle)
• Requisitos del equipo e instalación en Windows, macOS, Linux
• Procedimientos de actualización y flujo de trabajo del Connection Manager
• Página principal, resumen de secuenciación, comprobaciones de hardware y flow cell
• Inicio y monitorización de corridas, pausa y recuperación de experimentos
• Análisis post-run: basecalling, barcoding, alineamiento e informes

Salida y formatos de archivo

• Formatos basecallados: FASTQ (gzip opcional) y BAM (soporte Crypt4GH)
• Señal cruda: POD5 recomendado (soporte FAST5 heredado desaprobado)
• Modelos de basecalling: Fast, HAC (predeterminado), SUP (mayor precisión)
• Controles avanzados: lecturas por archivo, división por tiempo, división por barcode y compresión

Notas de instalación y equipo

• Distribución: zip para Windows, paquete para macOS, repositorio/paquete apt para Ubuntu
• Almacenamiento recomendado en SSD; ubicación de salida configurable
• Configuración de proxy y ajustes de red avanzados vía user_conf

Tutoriales, ayuda y resolución de problemas

• Tutoriales integrados al abrir MinKNOW por primera vez (se pueden restablecer)
• Menú de ayuda: enlaces de soporte, exportación de logs (TGZ) y guías de solución
• Ubicaciones de logs y procedimientos de exportación según el sistema operativo

Seguridad y ajustes del dispositivo

• Seguridad del dispositivo: firewall por defecto, controles de acceso remoto, activación/desactivación de SSH
• Recomendación: restringir el acceso remoto en redes no confiables y seguir las políticas locales de protección de datos

Características / especificaciones técnicas

• Tipo de producto: software de control y adquisición para secuenciación
• Fabricante / marca: Oxford Nanopore Technologies
• Versión del documento: MKE_1013_v1_revDN_29Apr2026
• Dispositivos compatibles: MinION Mk1B/Mk1D/Mk1C, GridION, PromethION 24/48, PromethION 2 Solo, Flongle
• Motores de basecalling: Dorado server / Fast, HAC, SUP
• Formatos crudos: POD5 (predeterminado si está activado); FAST5 obsoleto
• Salidas basecalladas: FASTQ (gzip) y BAM
• Muestreo adaptable: enriquecer/eliminar con basecalling en objetivo opcional
• Sample sheet: soporte CSV para experimentos multi-flow-cell
• Reglas de finalización: tiempo, bases estimadas/basecalladas, cobertura, cobertura por barcode, recuento de lecturas
• Plataformas de instalación: Windows, macOS, Linux (Ubuntu 20/22/24)