SMARTer Target RNA Capture para Illumina es un sistema completo diseñado para generar ADNc a partir de ARN total enriquecido. La RNA-seq dirigida puede superar varios retos inherentes a los experimentos de RNA-seq de amplificación del transcriptoma completo (WTA), mejorando la cobertura de la secuencia y la sensibilidad de la detección de transcritos de interés que pueden estar presentes en cantidades bajas. Los enfoques de RNA-seq dirigidos también tienen la ventaja de ahorrar costes y simplificar el análisis. El enriquecimiento de los transcritos de interés antes de la síntesis del ADNc permite obtener información sobre transcritos que, de otro modo, podrían pasar desapercibidos o requerir un número mucho mayor de lecturas de secuenciación para ser detectados, como fusiones de genes quiméricos, isoformas de transcritos y variantes de empalme. Al mejorar la sensibilidad, también mejora la potencia del análisis, como se observa en la reducción de la relación señal-ruido.
SMARTer Target RNA Capture para Illumina se utiliza para generar ADNc a partir de transcritos de ARN enriquecidos. Las sondas de ADN biotinilado diseñadas por el usuario se hibridan con los transcritos de interés y los híbridos ARN-ADN resultantes se capturan con Capture Beads. Este kit aprovecha la sensibilidad del SMART-Seq® v4 Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing para generar ADNc completo de alta calidad a partir de estos transcritos enriquecidos. El kit se ha probado con 10 ng de ARN total, y se ha demostrado que realiza síntesis de ADNc a partir de transcritos enriquecidos derivados de tan solo 100 pg de ARN total purificado. Las bibliotecas de ADNc generadas por este kit se han probado para comprobar su compatibilidad con las plataformas de secuenciación Illumina. Este método no requiere métodos o kits adicionales de eliminación de ARNr.
---