Los kits EliGene® NGS permiten la amplificación multiplex por PCR de todas las regiones diana necesarias del gen o genes de interés. La cantidad de ADN recomendada para cada reacción de PCR multiplex es de entre 20 y 100 ng de ADN procedente de material fijado en formol e incluido en parafina (FFPE) o de sangre. A continuación, los amplicones resultantes se codifican con las secuencias MID y se mezclan por muestra. Esta muestra se cuantifica y secuencia utilizando un instrumento NGS Illumina para secuenciación masiva en paralelo (MPS) según las instrucciones del fabricante. Las lecturas de secuencia resultantes se analizan posteriormente por comparación con la secuencia de referencia del gen o genes objetivo para identificar las posiciones de las variantes.
Introducción
Los kits EliGene® NGS se utilizan para una o más reacciones de PCR multiplex que resultan en la amplificación de regiones diana de una muestra. Para la amplificación se utiliza una mastermix lista para usar que contiene una ADN polimerasa de arranque en caliente. Los amplicones resultantes de cada multiplexación se diluyen 100 veces. En el segundo paso, se realiza una segunda ronda de PCR utilizando el kit EliGene® Adaptor-IL NGS, lo que permite marcar todos los amplicones para incorporar los MID y los adaptadores p7 y p5 necesarios para la secuenciación Illumina MiSeq. Los amplicones marcados resultantes se mezclan por individuo aplicando un esquema de mezcla específico del ensayo predefinido. Posteriormente, cada biblioteca de amplicones se purifica de pequeños fragmentos residuales de ADN de menos de 150 pb y se determina la concentración de ADN mediante una PCR en tiempo real con estándares de concentración.
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