Módulo de software para secuenciación HLA SEQNEXT-HLA

de análisisde cartografíade laboratorio

SEQNEXT-HLA es una aplicación potente y fácil de usar para el análisis de datos de tipificación basados en secuencias HLA de todas las plataformas y kits comunes de secuenciación de próxima generación. Todas las versiones de la base de datos HLA de IMGT están disponibles para su descarga e importación. Para el cálculo de resultados se pueden tener en cuenta las secuencias de intrones para excluir alelos nulos, además se puede comprobar el desfase. Se pueden mostrar advertencias sobre coberturas y antecedentes. Los nuevos alelos también son llamados. El resultado puede mostrarse en resolución máxima, 1 campo o 2 campos y como código NMPD. Todos los datos de los resultados pueden transferirse a los sistemas LIM internos del laboratorio y/o emitirse como informes personalizados del paciente. Compatible con datos de todas las plataformas y kits comunes de secuenciación de próxima generación Fácil configuración de regiones objetivo individuales (ROI) basadas en la base de datos IMGT HLA Análisis de archivos fastq o fastq.gz Estándares eficientes para el mapeo, la alineación, la calidad y la llamada alélica Ajustes configurables para la determinación de alelos Análisis de loci completos (datos de exones e intrones) Detección / exclusión de alelos nulos basados en secuencias de intrones Comprobación de fases para eliminar ambigüedades Detección de nuevos alelos