SEQNEXT-HLA es una aplicación potente y fácil de usar para el análisis de datos de tipificación basados en secuencias HLA de todas las plataformas y kits comunes de secuenciación de próxima generación. Todas las versiones de la base de datos HLA de IMGT están disponibles para su descarga e importación. Para el cálculo de resultados se pueden tener en cuenta las secuencias de intrones para excluir alelos nulos, además se puede comprobar el desfase.
Se pueden mostrar advertencias sobre coberturas y antecedentes. Los nuevos alelos también son llamados. El resultado puede mostrarse en resolución máxima, 1 campo o 2 campos y como código NMPD. Todos los datos de los resultados pueden transferirse a los sistemas LIM internos del laboratorio y/o emitirse como informes personalizados del paciente.
Compatible con datos de todas las plataformas y kits comunes de secuenciación de próxima generación
Fácil configuración de regiones objetivo individuales (ROI) basadas en la base de datos IMGT HLA
Análisis de archivos fastq o fastq.gz
Estándares eficientes para el mapeo, la alineación, la calidad y la llamada alélica
Ajustes configurables para la determinación de alelos
Análisis de loci completos (datos de exones e intrones)
Detección / exclusión de alelos nulos basados en secuencias de intrones
Comprobación de fases para eliminar ambigüedades
Detección de nuevos alelos
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