Software para informes virSEAK

de importaciónNGSde biología molecular

virSEAK (RUO - research use only) ofrece una comparación rápida y cómoda de su secuencia de SARS-CoV-2 con las secuencias disponibles. Después de una configuración personalizada con su kit, simplemente cargue datos fastq o fasta y obtenga una secuencia alineada con variantes. Además, su secuencia será asignada a un linaje de pangolines (por ejemplo, B.1.1.7) y a un clado GISAID (por ejemplo, L). virSEAK también comprueba automáticamente si su secuencia contiene las variantes de la proteína pico N501Y y/o E484K. Se muestran los valores de cobertura y calidad, incluyendo: cobertura requerida, absoluta, media y mediana, % de bases "wild type" y "N". Un indicador de calidad muestra si la calidad satisface los umbrales de calidad definidos. Además, la herramienta está optimizada para la secuenciación NGS de alto rendimiento con funciones automatizadas de importación y exportación y transferencia personalizable de secuencias. Cree fácilmente archivos multifasta para mejorar la presentación de informes a una oficina central de informes para la vigilancia de la situación epidemiológica y la propagación de mutaciones (por ejemplo, para Alemania, el Instituto Robert Koch). virSEAK - versión instalable: importación sencilla de archivos de secuenciación fastq sin procesar o fasta preprocesados secuenciación NGS de alto rendimiento con importación y exportación automatizadas por lotes alerta automática si la(s) mutación(es) N501Y y/o E484K están contenidas asignación a un linaje de pangolines y a un clado GISAID buscar otras variantes con frecuencias comparar subtipos, recuentos y localizaciones de hallazgos, ... exportar secuencia y variantes (con meta información, en formato fasta y/o csv) los resultados se almacenan secuenciación de alto rendimiento totalmente automatizada con transferencia personalizable de la secuencia